Chafer logró colocar su seminario en un lugar prominente en la escena religiosa norteamericana. De 1934 a 1952 editó la revista teológica Bibliotheca Sacra, en 1947 completó su mundialmente famosa Teología Sistemática en 8 volúmenes.
Calvinista sublasariano, moderado, en el sentido de explicar el plan o esquema de la elección mediante la presciencia infinita de Dios.
El eje central de su teología fue la infinita gracia de Dios. Premilenial y dispensacionalista destacado, se pronunció extensamente a su favor en su Teología Sistemática.
Esto hizo que muchas de sus conclusiones se vieran algo distorsionadas, por lo que su teología se ha visto relegada, pese a sus secciones provechosas y provocativas. Aunque su recurso principal es la Biblia misma, no deja de tener sus páginas repletas de referencias a otros teólogos. Está escrita con sencillez y claridad y bien estructurada.